Orangutan di Indonesia setidaknya menghadapi tiga masalah utama terkait kelangsungan hidup mereka. Pertama adalah kematian akibat kebakaran hutan yang menyebabkan hilangnya habitat mereka. Kedua adalah, kematian di tangan pemburu jika mereka mampu bertahan dari kebakaran hutan. dan ketiga, ancaman kelaparan akibat hilangnya pohon-pohon yang memberikan mereka buah sebagai pangan utama.
Kehilangan habitat menduduki ranking tertinggi sebagai ancaman serius bagi kematian spesies dan keanekaragaman hayati di dalam hutan, kehilangan habitat memiliki kontribusi 85% atas hilangnya berbagai jenis spesies. Sementara hadirnya alien species menyumbang 49% sebagai ancaman keanekaragaman hayati di hutan. Kontribusi alien species menjadi penyebab polusi adalah 24%, penebangan berlebihan 17%, dan menyebabkan penyakit 3 %. Pertanian dan pembangunan diidentifikasi sebagai penyebab paling luas yang menyebabkan hilangnya habitat untuk kehidupan liar, mempengaruhi 38% kehidupan spesies, dan baru diikuti pembangunan sebesar 35%, lalu pembangunan perairan 30%. Kajian ini seperti dimuat dalam buku Ecological X-Files: Proof that Aliens are Destroying Endangered Species, Environmental Defense Fund.
